Грузовой и коммерческой работой на сети дорог руководит Департамент грузовой и коммерческой работы Министерства путей сообщения Российской Федерации (ЦМ), на железной дороге и отделении — соответственно служба ( М) и отдел грузовой и коммерческой работы ( НОДМ). На некоторых отделениях созданы дирекции перевозок, дирекции грузовой и коммерческой работы. Служба грузовой и коммерческой работы управления железной дороги состоит из отделов или секторов ( в зависимости от объема работы): организации коммерческой работы и условий перевозок, перевозок скоропортящихся грузов, капитального строительства и механизации погрузочно-разгрузочных работ, актово-претензионный и др.
Кроме того, в штат службы входит аппарат дорожных коммерческих ревизоров. Руководит службой начальник службы (М), его заместители и главный инженер.

В структуре отделений железных дорог имеются отделы грузовой и коммерческой работы. В зависимости от объема работы в штате отдела, кроме начальника (НОДМ), имеются заместитель начальника отдела, старший и участковый коммерческие ревизоры, ревизоры хладотранспорта, инженеры и техники, ведающие вопросами организации перевозок грузов и др.
Для осуществления погрузки и выгрузки грузов на местах общего пользования и выполнения коммерческих операций, в частности с контейнерами, на отделениях железной дороги организованы механизированные дистанции погрузочно-разгрузочных работ и коммерческих операций ( МЧ). На станциях эти дистанции имеют производственные участки.
На некоторых отделениях, например на Вологодском отделении Северной железной дороги, созданы дирекции погрузочно-разгрузочных работ и коммерческих операций.
Г

рузовой и коммерческой работой на железнодорожной станции руководит начальник станции (ДС), а на станциях с большими объемами грузовых и коммерческих операций — заместитель начальника станции по грузовой и коммерческой работе (ДСМ). Для контроля за состоянием грузовой и коммерческой работы создан ревизорский аппарат: в Департаменте грузовой и коммерческой работы — главный, а также старшие коммерческие ревизоры (по дорогам или группе дорог), в соответствующей службе управления железной дороги — дорожный коммерческий ревизор, в отделе отделения железной дороги — старший коммерческий и участковые коммерческие ревизоры.
Охраной грузов ведает Управление ведомственной охраны МПС (ЦУО), на железной дороге — Отдел ведомственной охраны (НО).
При реализации Программы структурной реформы на железнодорожном транспорте будет изменена и система управления грузовой и коммерческой работой. Многие вопросы организации грузовой и коммерческой работы будут решаться в подразделениях центрального аппарата ОАО «РЖД» и его филиалах (железных дорогах). Усовершенствуется система управления контейнерными перевозками, перевозками скоропортящихся грузов, транзитными и интермодальными перевозками. Система управления грузовыми перевозками будет осуществляться с учетом работы с парком вагонов ОАО «РЖД» и вагонов операторских компаний.